Vilniaus muzikos mokykla "Lyra" įkurta 1993 m. sausio mėnesį, atsiskyrus nuo Vilniaus Balio Dvariono dešimtmetės muzikos mokyklos. Nuo 1975-1993 m. mokykla veikė Antano Jonyno aklųjų ir silpnaregių mokykloje-internate (dabar Lietuvos aklųjų ir silpnaregių ugdymo centras) kaip Vilniaus Balio Dvariono dešimtmetės muzikos mokyklos filialas. Nuo 1975 m. Vilniaus aklųjų ir silpnaregių mokykloje-internate mokytojo Petro Kvedaro (Balio Dvariono DMM direktoriaus pavaduotojas filialui) iniciatyva pradėta dirbti pagal muzikos mokyklos planus ir programas. Tuomet buvo orientuojamasi į Lietuvos aklųjų draugijos poreikius - ruošti choro dainininkus ir pučiamųjų orkestro muzikantus.
Nuo 1993 m. Vilniaus muzikos mokykla "Lyra" yra savarankiška papildomo ugdymo, t. y. formalųjį švietimą papildanti neformaliojo švietimo įstaiga, turinti savo filialą Lietuvos aklųjų ir silpnaregių ugdymo centre. Pirmasis mokyklos direktorius Bronislovas Glovickis. Šiuo metu mokyklai vadovauja direktorius Gintautas Smolskas. Direktoriaus pavaduotojas ugdymui - menotyros mokslų daktaras Albertas Vytautas Baika.
Mokykloje dirba patyrę pedagogai, dėstantys Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, Vilniaus Juozo Tallat-Kelpšos konservatorijoje, Vilniaus pedagoginiame universitete (Lietuvos edukologijos universitete), M.K.Čiurlionio nacionalinėje menų mokykloje, Vilniaus Balio Dvariono dešimtmetėje muzikos mokykloje, aukšto lygio menininkai ir pedagogai: Gintautas Smolskas, Sunigilda Smolskienė, prof. Irena Argustienė-Laurušienė, doc. Rolandas Aidukas, doc., dr. Vida Palubinskienė, doc., dr. Judita Žukienė, Laima Šulskutė-Romoslauskienė, Virginija Domeikaitė, Aušra Cicėnaitė-Uždavinienė, Dalia Želvienė, Snieguolė Jogėlienė, Izolda Bartusevičienė, Rima Bagotyrienė, Vitalija Kazlauskaitė, Elvyra Pakalnienė, Nadežda Dambrauskienė, Jolanta Vaišvilienė, Ala Raškevičienė, Liudmila Vindzberg, Meilė Razulevičienė, Rimas Jurkonis, Romualdas Lukošius, Birutė Bizevičiūtė, Tatjana Šlaustienė, Darius Trimonis, Janina Puodžiukienė, Milda Gedminienė, Marijus Šnaras, Tomas Mačėnas, Nijolė Glovickienė, Bronislovas Glovickis, Mirolanda Januškevičienė, Edvardas Jauniškis, Vitalija Stasiulienė, Saulė Atminienė, Dalia Puišienė, Evaldas Steponavičius, Renata Deltuvienė-Bakutė, Aušra Varnelienė, Ramunė Vitkauskaitė-Gužienė, Loreta Rutkauskaitė, Danielius Žimkus, Saulius Subačius, Alma Vadeišienė, Nadežda Jacko, Reda Matėnaitė, Stasys Šaltenis, Aleksandras Liutvinskis, Rasa Kulikauskienė, Dalia Valackienė, Agnė Railaitė, Audronė Ruzgienė, Evaldas Steponavičius, Dmitrijus Afanasjevas ir kiti.